先天性甲状腺功能低下的患者是没有办法完全治愈的，需要终身使用甲状腺激素的替代治疗，一般越早发现、越早诊断、越早治疗效果越好。如果治疗不利，可能会遗留永久性的智力低下、聋哑和躯体畸形等这些问题。
对于先天性甲状腺功能低下的儿童，治疗最好的就是在出生后3周以内，使甲状腺功能恢复正常，一般最好是在2周内使游离甲状腺激素维持在正常值的上限水平，这些病人可以在10到30个月的时候，神经发育达到正常状态。
一般年龄在9个月到2岁的婴幼儿，每天需要的甲状腺激素是50-100微克，如果骨骼生长和成熟都没有加快，lt4的用量还应该再增加。