反流性肾病的治疗原则是防止尿液反流和控制感染，以防止肾功能的进一步损害，包括内科治疗和外科治疗。一般治疗包括需要注意个人卫生、多饮水、定期排空膀胱，有二次排尿法、睡前排尿法以便减轻膀胱内的压力以及减少残余尿。
其次，需要治疗尿路感染。因为尿路感染可以促进肾的瘢痕形成，所以应及时积极治疗。有显性尿路感染的患者应用有效的抗生素治疗两周，然后使用长程低剂量的抑菌疗法作为预防性用药。长程低剂量的抑菌疗法可以减轻膀胱、输尿管反流以及反流性肾病发展，是保护肾功能的重要的治疗手段。其次，需要控制高血压，因为高血压可以加速肾功能的恶化。因此，血压的控制是任何反流性肾病患者长期治疗的一个重要的部分，可以选用血管紧张素转化酶抑制剂或钙通道阻滞剂。
而外科治疗，因为许多临床观察证明，儿童患者即使为重度的反流，如果术后膀胱输尿管反流消失，则肾脏生长发育基本正常。如果反流持续，则肾脏的生长发育明显受影响。已有尿蛋白的患者反流纠正后仍不能改变其肾功能恶化的进程。而对于成人膀胱输尿管反流的患者，一般认为重度反流并出现反复的肾盂肾炎，经内科积极治疗无法控制者才考虑手术，而有蛋白尿的患者一般不益手术。