肠镜检查时需要患者采取侧卧位，从肛门进镜至直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠至回盲部的顺序进行。
在进镜和退镜时观察肠道有无具体病变，有需要的情况下还需要进行病理活检。做肠镜的镜子往往是个比较软的镜子，可以弯曲的，但是进行普通的肠镜检查时，会有一定的痛苦存在，病人有腹胀甚至腹痛等不舒服症状。
肠镜检查是下消化道系统比较常用的准确检查方法，做肠镜检查前需要清淡饮食三天，并且在做肠镜前需要进行清洁肠道准备。