做肠镜的过程大致如下：
患者左侧卧位，医生拿肠镜从肛门进入大肠，最深处可延伸至小肠的末端左右。肠镜外形是一根又细又长的软管，上面有着特殊的装置，有摄像头、钳子以及充气与喷水装置。在检查时，医生通过肠镜上面的镜头可以看到患者肠内部状况，当发现有异物的时候，用钳子夹取一些组织做检测。当大肠内有食物遮挡视线可以喷水或者充气，以便于更清楚的观察病灶。
根据患者反映，肠镜检查比较难受，尤其是肠镜进入乙状结肠的时候，会感受到腹胀痛，痛感大小因人而异。