肾结核的辅助检查包括尿液检查、x线腹部平片、静脉肾盂造影、逆行造影、CT、B超以及膀胱镜检查。首先，尿液检查是对肾结核的诊断有决定性的意义。新鲜排出的尿呈酸性药，是肾结核尿液的特点。
蛋白微量到少量，常有镜下脓尿和血尿，但是在发生混合性尿路感染时，则尿液可呈碱性反应，镜下可见大量的白细胞。尿沉渣可以查到抗酸杆菌，由于肾结核的结核杆菌常呈间断、少量的从尿中排泄，故应连续多次检查，至少3次检查。不能依靠一次阳性结果，尤其不能依靠找了几条抗酸杆菌便确定诊断。尿结核杆菌培养阳性率可达90%，培养出结核杆菌是确诊肾结核的关键。尿结核杆菌豚鼠接种，其结果对诊断肾结核的价值更高，可作为肾结核确诊的依据，其阳性率高达90%以上，但费时较长，需要两个月才能得到结果。x线腹部平片可见肾外形增大或呈分叶状，晚期缩小、钙化。4.5%-31%的病人可以显示肾结核的特征性改变：片状、云絮状或斑块状钙化灶，其分布不规则、不定型，常限于一侧肾脏。
此外，静脉肾盂造影可以发现空洞形成和尿路狭窄，也是肾结核的一个诊断标准。