肛周脓肿依据其分型，如肛周皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿、肛提肌上脓肿、括约肌间脓肿、直肠黏膜下脓肿，以及肛门会阴区坏死性筋膜炎等，其手术方案也各有不同，引起的并发症也不同。
其主要方案是切开引流，清除脓苔及坏死组织，必要是要切除受累的肌肉和韧带。所以容易引起肛瘘、大便失禁、肛门环狭窄，以及盆底肌肉神经的损伤，引发术后长时间的腰骶部以及肛周坠胀感，患有免疫力低下。体弱多病的患者，容易引起其他部位感染，以及全身脓毒血症。所以要治好基础病，至关重要。