肛周脓肿做手术一般不会有疼痛感，因为做手术都会打麻药。肛周脓肿依据其位置分为肛周皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿、肛提肌上脓肿、直肠粘膜下脓肿、括约肌间脓肿、肛门会阴区坏死性筋膜炎等。
对于肛周脓肿的早期，可以在调节饮食，局部理疗及应用抗生素的治疗，脓肿一般可以吸收。对于严重的脓肿或者深部脓肿，则需要及时手术，在浅部脓肿可以穿刺或者切开引流，一般是局部浸润麻醉，疼痛感不明显。
对于严重的深部的脓肿，以及需要清洗脓腔坏死组织时，需要蛛网膜下腔持续麻醉状态，手术时间不受限制，患者无疼痛感。