肛周脓肿如果没有及时有效的治疗，容易导致局部红肿疼痛加剧，脓腔破溃后，容易并发成肛瘘，感染继续扩散蔓延，向更深的部位扩散。还有可能出现化脓性的改变，引起全身出现脓毒症，严重的还可以造成败血症，但是这种情况比较少。如果脓肿较大，还会压迫直肠，有可能引起直肠炎。
因此，肛周脓肿一旦发现后要积极处理，做手术切开脓腔，清理脓液。
然后再用喹诺酮类、头孢类的抗生素抗感染治疗，伤口定期消毒和换药，控制炎症，避免出现并发症。