除降压、利尿等一般对症治疗外，目前局灶节段性肾小球硬化的主要治疗药物为激素及细胞毒类药物。尽管疗效欠佳，但仍有部分患者经过激素治疗后，可以完全缓解或减少尿蛋白量。
多数局灶节段性肾小球硬化患者在激素治疗初期，即表现为激素抵抗，只有少数患者对激素敏感或部分有效或为激素依赖。
有研究表明激素与细胞毒类药物交替应用，可以提高局灶节段性肾小球硬化患者的治疗缓解率。细胞毒类药物与激素的合用，可使局灶节段性肾小球硬化的患者病情稳定，并能减少复发。
有人报告环孢菌素A对局灶节段性肾小球肾炎的治疗缓解率可达20%到60%，比常规激素治疗的效果要好。
然而在合并有肾功能损害的患者应慎用环孢菌素A，因为易导致环孢菌素A的肾毒性加重。局灶节段性肾小球硬化预后较差，本病的预后主要与蛋白尿的严重程度、肾脏病理改变的程度和对治疗的反应有关。