交会穴的临床作用主要是用来治疗交会经脉的疾病，交会穴指的是两经或数经相会交合的数学多分布于头面部和躯干部如三阴交本来是属于足太阴脾经的腧穴，但是又是足三阴经的交会穴，所以它既可以治疗足太阴脾经的疾病，也可以治疗足少阴肾经的疾病和足厥阴肝经的疾病。
奇经八脉上的阴维脉阳维脉阴跷脉阳跷脉、带脉冲脉本身是没有穴位的，但可以利用其交会穴对其进行治疗，比如治疗失眠时常用的照海是阴跷脉的交汇穴，申脉穴是阳跷脉的交汇穴。
所以某些没有穴位的奇经八脉的疾病可以用交会穴进行治疗。