顽固性失眠主要通过药物治疗、物理治疗和心理治疗等综合手段进行处理。临床上治疗顽固性失眠的药物主要有镇静、催眠类的药，如阿普唑仑、右佐匹克隆等，这些药物针对严重失眠的患者具有良好的治疗作用，但是具有容易成瘾性，不宜长期服用。
物理治疗可以通过超短波、中医按摩等方式，缓解患者精神紧张、焦虑等情绪，可以使患者进入一个舒适的状态，减少患者的失眠负担，能够起到辅助治疗失眠的作用。
而大多数顽固性失眠的患者多是由于精神、心理因素所致，所以心理疗法对于顽固性失眠有一定帮助。