微小病变肾病的治疗，除一般对症治疗外，主要是采用激素及免疫抑制剂治疗。本病90%患者对激素敏感，对症治疗包括优质高蛋白饮食，每天公斤体重1.5到2克。
利尿消肿及采用肝素、潘生丁及复方丹参等药物抗凝治疗，首选强的松，一般用药量为每天公斤体重1到2毫克，或40到60毫克每天，最大量不超过每天80毫克，采用顿服。
用药6到12周后逐渐减量，约每四周减少原用药的5%到10%，减少至10到15毫克每天，每天要降低药物减量的速度。
在最小维持剂量上维持治疗一年以上，约90%的儿童患者在足量激素治疗一周左右出现利尿现象，2到4周后尿蛋白可迅速消失，临床症状改善，50%到60%的成年患者初治在激素治疗8周内可达临床缓解。
微小病变患者在激素治疗后的复发率较高，治疗成功的关键是初始要足量、用药时间要充分、治疗有效者减量要慢。一般而言，本病长期预后良好，肾功能长期保持在正常范围。