肛周脓肿会出现并发症，肛周脓肿的并发症是后期形成肛瘘。
肛周脓肿来源于肛管内肛窦、肛腺感染，此处形成肛瘘内口，肛周脓肿破溃或切开排脓后脓腔收缩，周围纤维组织增生形成瘘管，污染物可以从内口进入，在瘘管内形成化脓和感染，经过瘘管部分脓液从外口流出。
肛瘘与肛周脓肿属于同一种疾病，都是肛门直肠周围间隙化脓性感染，是两个不同的病理阶段，早期为肛周脓肿，后期形成肛瘘，肛瘘是肛周脓肿后期的并发症和结局。