在临床当中脑发育不良和遗传因素，及继发性因素有一定关系。
首先，家族当中，如果有脑发育不良的患者，本病在家族当中发病率是很高的，需要在孕妇产前进行基因检查和遗传学检查等。
其次，脑发育不良多见于继发性原因所导致的：
一、孕妇的产前服用大量药物产生不良反应，导致胎儿脑发育不良，或是孕妇在产前有外伤、感染性疾病等，也有可能导致。
二、婴儿颅内感染性疾病、颅脑外伤、颅内肿瘤等，也可能导致脑发育不良。其他原因还包括新生儿缺血缺氧性脑病等，都有可能发生脑发育不良。