针灸疗法的理论依据是经络学说。经络学说是阐述人体经络系统的循行分布、生理功能病理变化，以及其与脏腑相互关系的理论体系，是中医理论的重要组成部分。对于中医临床各科，尤其是针灸临床实践具有重要的指导作用。
针灸疗法必须依照中医基础理论中的经络学说对疾病做出正确的诊断，刺灸正确的腧穴，并用运用恰当的操作方法才能发挥它的治疗作用。经络学说在临床上可以说明人身体的病理变化，指导辩证归经指导针灸治疗的操作。
针灸治病是通过针刺或艾灸等刺激体表经络腧穴以疏通经气，调解脏腑气血功能，从而达到治疗疾病的目的。