男性肛瘘并不是只能做手术治疗，可以采取药物治疗的方式，可以缓解肛瘘，但并不能够完全治愈肛瘘，做手术是根治肛瘘的唯一方法。
肛瘘可分为内口、外口和瘘管，会出现有反复的流脓，尤其是复杂性的高位肛瘘，必须要做手术找到内口，把复杂走向的瘘管和内口一起完全切除，并要做挂线引流，局部伤口进行消毒换药，促进伤口的愈合，才能够彻底治愈肛瘘。
因此，男性肛瘘可以药物治疗，但并不能完全根治，只有做手术才能够根治肛瘘。