肛瘘内口不明确也是能做手术的，手术是治疗肛瘘的唯一方法。
肛瘘具有内口外口和瘘管三部分组成，内口是原发病灶部位，做手术之前要找清内口的位置，可以通过肛门镜、探针等检查找到内口。如果在检查过程中，肛瘘内口不明确，可以在做手术时切开瘘道，沿着瘘道寻找内口，较容易找到。在手术中要将找到的内口，以及瘘管清除干净，只有把原发病灶的内口切除，才能够治愈肛瘘。
因此，肛瘘内口不明确的情况下，也是可以做手术的。低位肛瘘，可做肛瘘切除术。如果是高位肛瘘，因为内口的位置长得较高，不容易彻底切除可做挂线疗法。术后要配合涂抹红油膏，伤口填塞纱条，肛门用中药清洗坐浴，定期换药，能够促进伤口快速愈合。