巧克力囊肿的病因，主要是子宫内膜异位到卵巢而导致，临床常见在经期同房或者是各种手术以后，出现子宫内膜异位到卵巢或者是子宫内膜的种植学说，都会引发卵巢的巧克力囊肿。
当出现卵巢巧克力囊肿时，一定到医院根据情况积极治疗，会出现痛经，会出现逐渐加重趋势，会影响排卵，所以有巧克力囊肿的患者一定要积极治疗，治疗以后一定要注意定期复查，术后要防止巧克力囊肿复发。
避免巧克力囊肿复发，一般是通过药物进行治疗。巧克力囊肿患者处理方法只能是到医院通过手术治疗。