低位单纯性肛瘘并不严重。低位单纯性肛瘘大多是由于肛周皮下脓肿，经切开引流或者破溃后所形成的。
低位单纯性肛瘘，绝大多数都可以在外口和肛门之间摸到条索状的瘘管，由于瘘管以及内口都非常明确。所以经手术治疗以后复发率非常低。在临床上对于低位单纯性肛瘘，大多行肛瘘瘘管切开术或者肛瘘瘘管切除术。手术操作非常简单，术中对肛门周围括约肌的损伤也非常小，也不会造成肛门功能的障碍。
但需要注意的是，肛瘘都需要通过手术治疗才能治愈，低位单纯性肛瘘也不例外。