病理性肥胖的原因可能与患有某些疾病有关，如甲减型肥胖、库欣综合征等，单纯性的肥胖出现了并发症也会转换成病理性的肥胖。当然，引起病理性肥胖的原因非常多：
第一，可能会受到遗传因素的影响，即具有家族肥胖史。
第二，可能与自身的代谢功能有关。如果代谢功能异常，致使机制运转缓慢、热量不能及时代谢就会引起肥胖，如受到高血脂、高血压等疾病的影响。
病理性的肥胖还可能与患者滥用药物有关，如服用避孕药、降糖药、胰岛素、类固醇、抗抑郁剂等，都可能会引起身体出现病理性肥胖。