病理性肥胖主要是因某种疾病引起的肥胖，如库欣综合征、甲状腺机能减退性肥胖、肝炎后肥胖、胰源性肥胖、药源性引起的肥胖。还有性功能降低的原因也会引起肥胖，脑性肥胖病、伴有性功能丧失或性欲减退现象、乳房下腹部生殖器附近肥胖。
还有垂体性原因而引起的肥胖，比如脑垂体病变会导致垂体前叶分泌过多生长激素现象，全身骨头软组织内脏组织增生而肥大。甲状腺功能减退引起的肥胖，还会合并黏液性水肿。
长期给予糖皮质激素类药物治疗的像类风湿病及哮喘病的病人，也会引起药源性的肥胖。