排便会有疼痛感不一定是肛裂。还有可能是血栓性外痔、肛周脓肿。肛裂的疼痛是周期性疼痛，所谓的周期性疼痛是指肛裂是由三个阶段构成，包括排便时的排便痛、间歇期、痉挛性疼痛三个过程。
肛裂的时候，粪便在肠道中刺激肛裂溃疡面外露的末梢神经，引起剧烈疼痛。便后数分钟甚至十几分钟后，疼痛消失或者减弱。随后因为括约肌的痉挛再次诱发疼痛，在括约肌痉挛而疲乏时才逐渐得以缓解。这样的疼痛，当下次排便时又可重复出现。
肛周脓肿不但排便时疼痛，在活动时也可以出现，随着肿块破溃流脓，疼痛自然缓解。