药物性食管炎有可能会引起食管穿孔。
因为药物长期刺激食管黏膜，可能会导致患者出现食管黏膜的充血、水肿、糜烂以及溃疡。因此，也存在食管穿孔这一并发症。同时也会出现食管出血、食管狭窄、食管溃疡等并发症，极少部分的患者还会出现癌变的可能。
为了避免严重并发症的发生，避免患者出现生命危险，需要及时地给患者使用药物治疗，并且要避免药物对食管黏膜的损伤，可能需要给患者服用抑制胃酸分泌的药物以及保护食管黏膜的药物。