慢性腹泻可以通过实验室检查确诊。临床当中比较常用的实验室检查，有小肠功能的测定、胰腺功能测定，同时也需要做大便常规、血常规以及大便的镜检。同时，还可能需要做胃肠道激素的测定以及大便的隐血试验。
如果患者反复出现腹泻，并且出现了肝功能异常，有可能还需要做血生化的检查。通过实验室检查已经明确疾病的原因时，可以明确疾病的诊断。
部分患者也可能需要完善影像学检查，有可能需要做胃肠道的钡餐造影、胃镜检查以及腹部的平片检查。