雌激素治疗的副作用，包括乳房胀痛、白带增多、头痛、水肿、色素沉着，也有些会引起腹痛、腹胀、恶心、呕吐等一些胃肠道的反应。长期服用雌激素还会使子宫内膜异常增生，增加子宫内膜癌的发病风险，有可能会增加乳腺病变的风险。
雌激素治疗还会影响代谢，会导致水钠潴留引起水肿使体重增加。有些会影响脂代谢，容易引起动脉粥样硬化，会增加血栓的风险。长期使用雌激素还会使阴道的pH值发生变化，容易诱发霉菌性阴道炎。
所以，雌激素的补充治疗，一定要在医生的指导下规范用药，而且在治疗之前一定要进行相关的检查，要排除一些用药的禁忌证。而且用药之后要有良好的依从性，要严格随访。必要的时候要调整用药方案，减少用药剂量或者改用其他的药物，尽量减少雌激素治疗的副作用。