瞿麦可以治疗卵巢囊肿。因为囊肿多与血瘀、气滞、痰结等因素有关，而瞿麦有清热利水、破血逐瘀、通经活络等作用，因此瞿麦可以治疗多种囊肿。
瞿麦除了治疗卵巢囊肿外，临床上还可用于治疗小便不利、淋病、经闭、水肿、目赤肿痛、月经不调等病症。治疗卵巢囊肿时，瞿麦多与桂枝、茯苓等中药同用。
治疗淋病时，瞿麦多配伍赤芍、白茅根、生地黄等中药使用。治疗月经不调时，瞿麦多与丹参、红花、桃仁等中药同时应用。