双肾多发囊肿不是一种严重的疾病。绝大部分双肾多发囊肿都是一种良性的病变，囊内容物为液体，很少有双肾多发囊肿会发生恶变。
因此对于绝大多数没有明显症状的双肾多发囊肿患者，可以不需要做特殊治疗，只需要定期复查泌尿系的彩超来动态观察肾囊肿是否有增大。
而对于有明显的压迫症状，或者是近期内肾囊肿具有明显增大的患者，则需要进行手术治疗，打针、吃药是没有任何效果的。它唯一有效的办法便是进行手术治疗，患者进行手术以后，也要定期复查随访等。