双肾多发囊肿一般是不会恶变的，恶变的概率是极其罕见的。
绝大部分双肾多发囊肿都是良性病变，囊内容物多为液体，它的生长速度非常缓慢，甚至不会生长，因此很多双肾多发囊肿患者如果没有明显不适的症状，可以暂时不处理，只需要定期复查泌尿系的彩超来动态观察囊肿的大小变化即可。
而对于有明显症状的双肾多发囊肿或者是近期内具有明显增大的患者，则需要进行手术治疗，打针、吃药是没有任何作用的，唯一有效的治疗办法便是进行手术治疗，患者进行手术以后也要进行复查肾功能以及泌尿系的彩超。