当临床诊断有双肾囊肿以后，病情是否严重取决于肾囊肿的性质，也就是单纯性的双肾囊肿病情是不严重的，如果是多囊肾引起的双肾囊肿，病情相对是严重的。
因为单纯性的双肾囊肿通常肾脏囊肿的数目比较少，体积也比较小，不会对肾脏实质的结构起到破坏性的作用，所以很少引起尿毒症。
如果是多囊肾，双侧肾脏会布满大大小小的囊肿，会随着时间的延长，囊肿一方面会增大破坏肾脏的实质和结构引起肾功能下降，另外一方面囊肿增大以后容易破裂、出血，导致感染的发生。除此之外，多囊肾会引起血压升高，可以导致患者反复出现尿路感染，会形成尿毒症，需要终身接受透析治疗。