早上起床舌根发苦可能与胆汁反流、口腔疾病、糖尿病等原因有关。
1.胆汁反流。如果患者有慢性胆囊炎或者是胆汁反流性胃炎等疾病时，夜间处于仰卧状态时，没有重力的下降作用后，容易导致胆汁反流至胃，然后通过食道进入口腔，而引起早上起来舌根发苦的情况。
2.口腔疾病。对于有龋齿的患者，如果夜间睡觉前未刷牙，会导致食物残渣积留在龋洞里面，出现发酵而引起晨起舌根苦的情况。对有牙龈炎的患者，夜间局部可能会出现炎性分泌物，而引起晨起舌根苦的情况。
3.糖尿病。糖尿病患者血糖控制不佳时，一方面会导致其患口腔疾病的风险增加。另一方面，会导致其内分泌紊乱，使肠胃的正常消化功能下降，最终出现晨起舌根发苦的情况。