咽拭子采集时被检查者有可能感到干呕的情况，属于正常生理反射，在采样结束以后会很快缓解，不需要特殊处理。
咽拭子采集主要是用长棉签插入咽喉的深部或是扁桃腺的部位，旋转三圈，大概在15–30秒左右，然后取出棉签，采集样本就结束了。患者容易接受，是诊断呼吸系统感染比较常用的方法，目前广泛用于新冠肺炎的筛查，不受年龄的控制，适合所有的人群。
如果是疫区回来或是跟确诊患者密切接触的都是可以检查咽拭子的，咽拭子检查也不受吃饭的影响。