做无痛胃镜有一定的危险性。因为无痛胃镜需要进行麻醉从而减少痛苦感觉，因此有可能会出现麻醉药物过敏或者麻醉意外等。另外，在胃镜插入咽喉部时如果配合度欠佳有可能会擦伤咽喉部黏膜，引起出血现象。
还有胃镜检查后，如果病人因为腹胀而引起恶心、呕吐等不适症状，可能会使食物吸入气道而引起呛咳或者吸入性肺炎的发生。
无痛胃镜相比较普通胃镜具有痛苦小、准确度高、安全性好、检查时间短、创伤小等优势，建议到正规医院进行检查，从而降低检查风险。