胰腺真性囊肿的临床症状与原发疾病的类型、大小、部位及分期有关。有些囊肿体积小无症状，囊肿越大症状越明显：
1.胰腺囊肿最重要的症状之一是腹胀疼痛，疼痛与囊肿生长的部位有关，它经常会辐射到左肩和腰部后部，疼痛的性质主要是持续性钝痛、胀痛和阵发性绞痛。疼痛的原因通常被认为是由于胃肠道、腹膜后和腹腔神经丛压迫所致。如果囊肿有出血或感染，也会引起疼痛。
2.周围脏器受压、囊肿直接压迫和移位胃肠道或神经反射引起的疼痛，常表现为胃脘不适、饱胀、餐后加重、恶心呕吐、食欲减退、腹泻或排便。