在临床上导致新生儿低血糖的原因非常多。
低血糖分为短暂性新生儿低血糖和持续性新生儿低血糖。引起短暂性的新生儿低血糖多见于像母亲有糖尿病，这种原因导致的新生儿低血糖通常能在出生后2-4天缓解。还见于像新生儿出现窒息以及心力衰竭等比较严重的疾病，这些疾病会导致葡萄糖消耗过多而引起短暂性低血糖，一旦把这些原发疾病治愈后，低血糖就会给予纠正。此外，早产儿也容易引起短暂性低血糖。
新生儿持续性反复低血糖多见于一些先天性疾病，像糖原累积症、半乳糖血症、先天性垂体功能低下、先天性高胰岛素血症、先天性肾上腺皮质增生症、胰高血糖素及生长激素缺乏等先天性内分泌缺陷，均会导致反复持续性的新生儿低血糖。