新生儿低血糖的原因有很多，可以涉及葡萄糖供应、代谢、异生等先天及后天多个环节。在胎儿娩出后，开始喂奶之前，婴儿依靠自身维持能量供应。因此，新生儿出生后，必须尽早开始自身的生糖作用。
由于肝糖原储备极其有限，刚开奶时由于奶量的不足，因此新生儿必须依赖自身的生糖作用，并通过降低胰岛素的分泌，增加胰升糖素、肾上腺素、生长激素和皮质醇等激素的分泌，来维持血糖的平稳。
几乎所有的婴儿，在出生后都有暂时性的低血糖发生的可能性也就越大，出生的体重胎龄越小，本病低血糖发生的可能性也就越大。所以任何引起新生儿自身的升血糖作用的疾病，都会导致新生儿低血糖。