慢性淋巴细胞性甲状腺炎和亚急性甲状腺炎的区别主要是发病原因不同、临床表现不同、化验室的指标改变不同、治疗不同。
慢性淋巴细胞性甲状腺炎是免疫破坏导致的甲状腺疾病，亚急性甲状腺炎是病毒感染导致的疾病。慢性淋巴细胞性甲状腺炎在临床上大多数没有什么症状。亚急性甲状腺炎的患者在临床上表现为脖子疼、发热的症状。慢性淋巴细胞性甲状腺炎化验甲状腺过氧化物酶抗体或者甲状腺球蛋白抗体升高，血沉不快，可以没有甲亢或者是甲减。亚急性甲状腺炎患者甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体正常，血沉是增快的，初期的时候可以有甲亢的化验指标表现。
治疗上，亚急性甲状腺炎是多饮水，服用非甾体的抗炎药或者是激素治疗。慢性淋巴细胞性甲状腺炎如果没有甲亢或者是甲减，只需要低碘饮食就可以了。