肛瘘不是肛周脓肿的并发症，肛瘘是肛周脓肿的后遗症。
因为肛周脓肿是感染性化脓性疾病，它的并发症有肛周疼痛、发热、肛周软组织感染、便秘、小便困难等，这些都是由于感染导致的。而肛瘘是肛周脓肿皮肤破溃后，脓液及坏死组织流出，脓腔逐渐收敛愈合形成的。脓腔外口成为肛瘘的外口，感染的肛窦是内口，两者之间感染的软组织形成了瘘管。感染为慢性平稳期时，外口处会淋漓的反复不断地向外流出脓液及坏死组织，有的甚至是粪便，如果感染加重还会形成新的肛周脓肿。
肛瘘与肛周脓肿其实是一种疾病的两个不同时期，所以肛瘘不是肛周脓肿的并发症。