肛周脓肿会诱发肛瘘。而且在临床上绝大多数的肛瘘都是由于肛周脓肿演变而来的，是由于肛周脓肿自行破溃或者经单纯手术切开引流后所产生的后遗症。
肛周脓肿和肛瘘其实是同一疾病，只不过是两者处于不同阶段而已，肛周脓肿属于初发阶段，是急性感染阶段；而肛瘘是属于继发阶段，是感染的慢性迁延阶段。
所以无论肛周脓肿还是肛瘘，最终都需要通过手术治疗才能完全治愈，而手术的关键是对于感染源的处理，也就是内口的处理，只要准确的处理内口就可以治愈。