1.手术治疗。如果患者霉菌感染非常地局限，只限于上颌窦之内，这种情况可以做鼻内窥镜下上颌窦开放手术，术中将霉菌团块全部取出来。术中以及术后可以应用抗真菌冲洗液进行鼻腔冲洗治疗，抑制霉菌的复发。大多数通过手术治疗能够达到比较良好的效果。
2.药物治疗。一般对于霉菌团块状的鼻窦炎，一般不推荐应用药物全身治疗。只有患者是急性的霉菌性鼻窦炎，同时伴有侵袭性，临床上才考虑全身应用抗真菌药物治疗处理。
如果是变应性的霉菌性鼻窦炎，临床上也可以考虑联合应用激素口服治疗处理。