口腔霉菌感染首先要寻找引起霉菌感染的病因，针对病因治疗。口腔霉菌感染一般都是由于长期的应用抗生素或者激素治疗、长期应用免疫抑制剂、或者是口腔卫生做的不好引起的。
这种情况下，停用抗生素或者将广谱抗生素改为窄谱的抗生素，停用激素和免疫抑制剂。保持口腔卫生，勤刷牙漱口，以5%的小苏打溶液漱口，或局部擦拭口腔霉菌。也可使用酮康唑或者氟康唑溶液漱口，以龙胆紫外涂霉菌。以治霉菌素碾碎以后外用在口腔霉菌处。
日常合理饮食，增加营养，补充维生素。如病情严重，应及时去医院就诊。