个别肠瘘患者会有腹胀的症状，肠内瘘症状不明显，肠外瘘除了有腹胀的感觉，患者还会有腹痛、体温升高以及局限性或弥漫性腹膜炎等症状。
肠瘘发生后，因为消化液大量流失，病人会出现酸碱平衡紊乱，因机体处于应激状态，分解代谢增强，可能出现负氮平衡和低蛋白血症。瘘管内营养物质的吸收和大量含氮物质的流失，病人的体重可明显减轻，皮下脂肪消失或骨骼肌萎缩。
在肠外瘘的发展过程中，瘘周可能有脓肿，由于隐匿性感染、发热、白细胞增多、腹痛、胃肠炎或手术创伤等原因，早期诊断和有效引流困难。