一般正确使用生理盐水洗鼻器，并不会对身体造成大的危害，主要是由于生理盐水无毒无害，也不是药物，基本上不会对身体产生不良影响。
但如果操作不当，可能会有危害出现，比如频繁使用，或方法不对，容易导致鼻子黏膜变得过于干燥，甚至是破坏鼻腔当中的结构，引起鼻部出血现象，情况严重的，甚至会导致出血不止。
另外，如果在清洗时不小心被误吸到下呼吸道，容易造成吸入性肺炎。有的人反复使用，不消毒，容易导致鼻腔当中继发细菌或霉菌感染，也容易出现鼻中隔的穿孔、溃疡。