肠功能紊乱大多由饮食不当所致。需要纠正饮食习惯，少吃辛辣、刺激的食物，少吃过于油腻的食物，少吃寒凉食物。饮食以豆腐、米汤、鱼汤、蔬菜汤等清淡、易消化的食物为主，注意均衡营养。
如果是因为积食引发肠功能紊乱，可以适当减少食量，服用消积丸、山楂丸等消食、开胃的中药调理。如果是因为脾胃虚寒引发的肠功能紊乱，可以服用附子理中丸等健脾益气的中药调理。如果是因为胃黏膜损伤引发的肠功能紊乱，可以服用香砂养胃丸等促使胃黏膜修复的中药调理。
肠功能紊乱的患者不要剧烈运动，避免引发腹痛。可以做散步、慢跑等较为轻松的运动，调理身体。