对于感染尼帕病毒以后，在通常情况下是有可能留有后遗症。
感染尼帕病毒留有后遗症，和患者的自身情况、自身的病情、疾病的严重程度等都直接相关。对于轻度感染尼帕病毒的人群并不会出现典型的遗留后遗症的临床症状，在抗病毒治疗以后，患者只要没有留下严重的并发症，则不会有显著的后遗症。
对于一些严重感染尼帕病毒的患者，一旦出现并发的脑炎，有可能遗留经常头晕、恶心、呕吐、意识混乱、昏迷。这部分患者如果经过积极及时治疗，病情有可能会发生改善。但是，绝大多数出现脑炎的患者有可能留下后遗症状。例如反复发作的癫痫、智力下降等。