溃疡性结肠炎的临床表现主要分三大类：
第一大类是消化系统的临床表现，主要以腹泻、腹痛为主。其中黏液脓血便是溃疡性结肠炎活动期的重要表现。大便的次数以及便血的程度也反映了病情的轻重，轻的患者每日排便两到四次便血症状轻或没有便血。重的患者每天排便可以达到十次以上，脓血显见甚至可以有大量的便血。腹痛轻症的患者一般没有腹痛或仅有腹部的不适，多为左下腹或者下腹的阵痛。
第二大类全身的表现，一般在中重型的患者中出现。中重型的患者活动期常有低度及中度的发热，病情持续活动可以出现消瘦、贫血以及低蛋白血症等。
第三大类肠表现，包括外周的关节炎、结节性红斑、前葡萄膜炎、口腔复发性溃疡等。