溃疡性结肠炎，在临床上需要与同样表现为腹泻黏液脓血便腹痛的很多种疾病相鉴别。比如慢性细菌性痢疾、阿米巴肠炎、血吸虫病等，但这些疾病在通过便常规的检查，都可以找到相应的病原体，或者是虫卵。
临床上最重要的鉴别是要与克罗恩病鉴别，克罗恩病与溃疡性结肠炎同属于炎症性肠病的范畴。
但克罗恩病的腹泻一般无肉眼血便，结肠镜以及x线检查克罗恩病病变主要在回肠末端和邻近结肠，并且呈非连续性非弥漫性的分布。而溃疡性结肠炎的病变的是从肛端直肠开始逆行向上扩展，病变呈连续性和弥漫性，通过肠粘膜的活检病理也可以明确诊断。