真菌感染和湿疹在临床的区别还是比较明确的。
真菌感染在临床上既可能导致皮肤表面的炎症性损害，也有可能形成深部真菌病，比如造成孢子丝菌病等。形成深部真菌感染以后，可能造成软组织的浸润性的反应，而湿疹是不会形成浸润性的表现。
另外，湿疹所形成的皮肤损害可能形成弥漫性炎症性红斑和丘疹，以及丘疱疹等。但是真菌感染如果是表皮癣菌感染形成的体癣、股癣，以及手足癣等，大多边界比较清晰。如果没有通过规范的治疗，有的人可能形成一定的鳞屑，以及边界不清晰的现象。
当然，真菌感染所造成的体癣一般有中心自愈的现象，而湿疹就没有这种现象。