直肠溃疡如果有出血，主要还是以中药保留灌肠的方法进行治疗，可以适当地使用一些具有止血功效的中药进行保留灌肠。
另外，还可以间或使用一些西药的止血药物保留灌肠，比如使用凝血酶或者是立止血等药物进行保留灌肠，可以起到良好的止血的效果。另外，还可以适当口服一些止血的药物，比如云南白药胶囊以及三七粉等药物，进行对症处理。直肠溃疡出血还可以使用一些氨基水杨酸制剂，比如使用美沙拉嗪、肠溶栓剂，可以起到治疗的功效。
另外，患者一定要注意多休息，尽量减少外来的影响，尤其是避免辛辣刺激性的食物，避免油炸的食品。