胃肠道间质瘤不一定属于恶性肿瘤。胃肠道间质瘤是恶性还是良性，根据生物学行为将其分为良性的间质瘤、恶性的间质瘤以及潜在恶性间质瘤三种。具体的性质还需要结合胃肠道间质瘤发生的部位、转移现象以及核分裂数量进行确定。
如果部位特殊而且有转移迹象，则是恶性肿瘤，需要采用手术、靶向药物等方式治疗。一旦错过最佳治疗时间，就会出现远端多部位的转移。
但如果胃肠道间质瘤体积比较小，而且不存在非常明显的症状，则一般是良性肿瘤，危害不是很大。只要在发现之后，采用手术切除就能够好转。