巨细胞病毒感染，可以在母亲孕期通过胎盘感染胎儿，称为先天性感染。在新生儿出生时，经过产道吸入含有巨细胞病毒的分泌物或者出生后不久接触母亲含有巨细胞病毒的唾液、尿液，摄入带病毒的母乳，以及输血可以引起感染，称为围生期感染
由于母乳中巨细胞病毒的排毒率大约在20%到70%，因此摄入带病毒的母乳是生后感染的重要途径。所以在孕期出现巨细胞感染的母亲，可以进行母乳的巨细胞病毒检查，如果检查呈阳性，最好不要进行母乳喂养，如果母亲没有巨细胞病毒感染，是可以继续母乳喂养的。